Boas!
As Bacterias aeróbias são as que fazem uso do oxigênio.
As anaeróbias (obrigatórias e facultativas) vivem na ausência desse gás, e são encontradas principalmente no sedimento (fundo) de ambientes aquáticos.
Bactérias anaeróbicas obrigatórias não efetuam a fosforilação oxidativa. Além disso, elas são mortas pelo oxigênio. Essas bactérias não expressam certas enzimas tais como a catalase [que quebra peróxido de hidrogênio, H2O2, em água e oxigênio], a peroxidase [pela qual NADH + H2O são convertidos a NAD e O2] e a superóxido dismutase [pela qual o superóxido, O2-, é convertido a H2O2]. Estas enzimas detoxificam os radicais livres de peróxido e de oxigênio produzidos durante o metabolismo na presença de oxigênio.
Bactérias anaeróbicas facultativas podem realizar tanto fermentação quanto respiração. Na presença de oxigênio, a respiração anaeróbica é geralmente desligada e esses microrganismos respiram aerobicamente. Bactérias microaerófilas crescem bem em baixas concentrações de oxigênio, mas são mortas em altas concentrações.
As bactérias facultativas que participam do processo de denitrificação precisam de uma fonte de oxigênio (doador de elétroes) e um composto orgânico, geralmente açúcares e derivados, que será o aceptor* de elétroes no processo de obtenção de energia do organismo.
A bactéria utiliza preferencialmente o processo que seja mais produtivo do ponto de vista energético. Nesse sentido o processo com oxigênio é o que vai gerar mais energia. Na falta de oxigênio ela usa o oxigênio presente no nitrato (NO3), na falta deste o nitrito (NO2), depois o sulfato (SO4---) e assim por diante.
Então as bactérias facultativas em condiçòes anaeróbicas usam o nitrato como fonte de oxigênio e compostos orgânicos como nutrientes. e as bactérias aeróbicas que transformam MOD** em amônia, amônia em nitrito e nitrito em nitrato.
*Aceptor de elétroes é qualquer substância que receba elétroes em uma reação química, funcionando como agente oxidante. Se umas substância é boa aceptora vai depender de quando a doadora gosta de seus elétroes. Isto é chamado de potencial redutor, quanto maior o potencial redutor mais a substância vai doar elétroes. O oxigênio possui um dos menores potencial redutores conhecidos, por isso, ele funciona como um ótimo oxidante, mas outros oxidantes são conhecido, como dicromato de potássio.
** - MOD - Matéria Orgânica em Decomposição
Retirado de vários links!!!